多囊卵巢症是由於排卵異常導致，當成熟的卵子從卵巢中排出，即排卵期。在這時期，若卵子沒有被男性精子受精，則會在月經期間排出體外。但當女性沒有產生足夠的排卵激素，沒有在月經期排清卵子，卵巢便會長出許多小囊腫。繼而，這些囊腫刺激身體產生雄激素，患有多囊卵巢症的女性通常具有高水平的雄激素，加劇月經週期排卵異常問題。

患上多囊卵巢症後， 卵巢通常無法正常釋放卵子，即女性無法正常排卵。若女性在情況出現後時持續忽視，多囊卵巢症的小囊腫最大可達 8 毫米（約 0.3 英寸）。 如囊腫過大，有機會需要手切除為多囊卵巢症治療。